Projekt przedłożono w 2344 roku.
Klasa Prometheus jest połączeniem kilku odrębnych początkowo projektów badawczych. Bezpośrednim impulsem do jej stworzenia była strata Enterprise-C w okolicach Narendra III. Gwiezdna Flota zdała sobie wówczas sprawę, że będzie potrzebować dobrze uzbrojonego okrętu o możliwie małych rozmiarach. Od dawna wiedziano, że w walce przewagę mieć będzie okręt bardziej zwrotny. Wiadomo było, że przy określonej mocy silników, im jednostka jest mniejszy, tym bardziej jest zwrotna, jednak z drugiej strony zbyt mały okręt nie byłby w stanie pełnić misji naukowych lub dyplomatycznych. Oczywistym rozwiązaniem było zaprojektowanie statku, mógłby samodzielnie zmieniać konfigurację do danej misji.
Ów problem przetestowano częściowo w klasie Galaxy, której dano możliwość łatwego odłączania sekcji spodka od reszty kadłuba - bez zewnętrznej pomocy. Sekcja napędowa zyskiwała wówczas znacznie na zwrotności, dając jej przewagę taktyczną nad "pełnym" okrętem klasy Galaxy. W praktyce jednak okazało się, że operacja rozłączania trwa zbyt długo, w dodatku pozostawiając spodek (którego nie wyposażono w napęd nadświetlny) bardzo wrażliwy na ewentualne ataki. Ponadto, spodek zawiera dwie główne baterie fazerowe okrętu, i chociaż jego reaktory fuzyjne zapewniają wystarczającą ilość energii do oddania kilku strzałów, to możliwość ta nie była zbyt często wykorzystywana.
W 2359 roku Gwiezdna Flota zainicjowała projekt badawczy, aby zbadać możliwość budowy prawdziwie wieloczęściowej jednostki. W założeniu, okręt taki miał być zdolny do podziału na dwie niezależne części - obie z możliwością lotów nadświetlnych. Jedna miała być przeznaczona do walki, a więc szybka i zwrotna, wyposażona w prawie całe uzbrojenie, natomiast druga miała za zadanie bezpieczną ewakuację naukowców, dyplomatów i osób cywilnych z zagrożonego obszaru. W tym projekcie zastosowano większość technologii i rozwiązań konstrukcyjnych z klasy Intrepid, czego efektem było podobieństwo modelu teoretycznego z 2363 roku do tej właśnie klasy.
W 2364 roku Dowództwo Gwiezdnej Floty zaczęło rozważać pomysł wprowadzenia takiej jednostki do produkcji. Jednak w tym samym roku ponownie nawiązano kontakt z Romulanami i poznano nowy typ ich okrętu. Romulański D'Deridex zdawał się dysponować większą siłą ognia niż Enterprise - jeden z najpotężniejszych wówczas okrętów Gwiezdnej Floty. Dlatego też nakazano wprowadzenie daleko idących zmian do projektu jednostki wieloczęściowej. Miała ona składać się teraz z trzech części, każdej z własnym, niezależnym rdzeniem reaktora i napędem nadświetlnym. Pomieszczenia dla naukowców i dyplomatów usunięto, celem zwiększenia mocy układów uzbrojenia. Projekt zmienił wtedy nazwę na Nomad, jako że nazwę Prometheus przeznaczono wcześniej dla jednego z okrętów klasy Nebula. Prośby zespołu eks-Prometheusa o zmianę tej decyzji nie spotkały się ze zrozumieniem zespołu Nebuli.
Podczas wprowadzania zmian w projekcie, Federacja zetknęła się z Borgiem, a potem z Dominium - niebezpiecznymi i potężnymi przeciwnikami. Przyspieszyło to prace nad projektem, zmieniając go ostatecznie w okręt czysto wojenny, wykorzystujący wiele elementów z innych klas. Dla przykładu, z klasy Sovereign wzięto silniki i fazery typu XII, zastępując nimi fazery typu VIII z klasy Intrepid. Generatory osłon zostały znacznie rozbudowane i wyposażone w modulator częstotliwości (także z klasy Sovereign). Z klasy Defiant wzięto natomiast pancerz ablacyjny, wyrzutnie torped kwantowych, jak również wzmocnione generatory wewnętrznego pola spójności strukturalnej. W efekcie uzyskano okręt łączący małe rozmiary, dużą prędkość i zwrotność z siłą ognia ośmiokrotnie większą od klasy Intrepid (przy podobnych rozmiarach).
W 2373 USS Prometheus klasy Nebula został zniszczony. Zespół Nomad wykorzystał tę okazję i udało mu się przekonać Dowództwo Gwiezdnej Floty do ponownego przyznania nazwy Prometheus ich projektowi.
Moc tego okrętu została zademonstrowana w 2374 roku, kiedy to na pewien czas został on przejęty przez zespół specjalny Tal Shiar (romulańskiego wywiadu). Chociaż prototyp był jeszcze w fazie testów, udało mu się unieszkodliwić w walce jednostkę klasy Nebula i odeprzeć atak dwóch okrętów klasy Defiant i jednego klasy Akira. Nieco później zdołał przepłoszyć trzy romulańskie okręty wspomnianej klasy D'Deridex.
Ten niezamierzony chrzest bojowy przekroczył najśmielsze przewidywania Dowództwa. Dysponując okrętami o sile ognia klasy Sovereign, a rozmiarach klasy Intrepid, Gwiezdna Flota znacznie podniosłaby swoje potencjalne możliwości bojowe. Można się więc spodziewać szybkiego dokończenia fazy testów prototypu i jeszcze szybszego wejścia do służby następnych jednostek tej klasy.
Schemat mostka
1 - Fotel dowódcy
2 - Stanowisko sternika
3 - Stanowisko operacyjne
4 - Główny ekran
5 - Konsola inżynieryjna
6 - Konsola naukowa
7 - Konsole taktyczna
8 - Konsola misji
9 - Schemat statku
10 - Turbowindy
11 - Konsole rezerwowe